La ville est fondée en 1156 par un rajâ Râjput du clan des Bhatti, nommé Deorâj et qui prend à l’occasion le nom de Rao Jaisal. Les rajâ de Jaisalmer portent à sa suite le titre de Râwal ou Mahârâwal. Ils régnèrent jusqu’en 1949, date à laquelle leur État fut intégré à l’État du Rajasthan.
Elle doit son importance historique et sa richesse à son rôle d’étape caravanière sur la route entre l’Inde et la Perse, l’Arabie et l’Occident. L’essor du port de Bombay portera un coup sérieux à sa prospérité que la partition de l’Inde, et la fermeture de la frontière, finira d’achever.
Construite sur une éminence qui surplombe le désert du Thar et permet de le surveiller sur une grande distance, elle est entourée d’un rempart de 5 km comportant 99 bastions et tours d’angle.
Au xiiie siècle, Jaisalmer est pillée par le sultan de Delhi Alâ ud-Din pour récupérer une caravane dont les Bhatti s’était emparée. Elle est cependant reconstruite au siècle suivant.
En 1541, la ville prend les armes contre l’empereur moghol Humâyûn en route pour Ajmer. Cependant les rapports entre ses dirigeants et les Moghols ne furent jamais mauvais, Akbar fut même marié à une princesse de Jaisalmer.
Bien que située au cœur du Thar, la ville a connu une mousson désastreuse en 1993, détruisant partiellement ou complètement quelque 250 bâtiments historiques parmi lesquels le plus ancien palais Râjput existant, le Rani-ka Mahal, ou palais de la Maharani. Elle souffre aussi d’une surexploitation touristique.
Jaisalmer est surnommée la ville dorée. L’État princier dont la cité était la capitale a été intégré à l’Inde en 1949. Les conflits indo-pakistanais de 1965 et 1971 ont révélé l’importance stratégique de la ville et le Rajasthan Canal qui l’approche par le nord y fait reverdir le désert.